Probleme RSQLite in R 3.3.2

[bsd4me]

** package 'RSQLite' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
make: "/tmp/RtmpvF2pY3/R.INSTALLc39c6fe0ed3f/RSQLite/src/Makevars" line 21: Could not find Makevars.local
make: Fatal errors encountered -- cannot continue
make: stopped in /tmp/RtmpvF2pY3/R.INSTALLc39c6fe0ed3f/RSQLite/src
ERROR: compilation failed for package 'RSQLite'
* removing '/usr/local/lib/R/library/RSQLite'
* restoring previous '/usr/local/lib/R/library/RSQLite'

was könnte das sein??

Grüße, Norbert

 

[bastorran]

Hallo,

habe es gerade versucht zu installieren, bei mir kommt der gleiche Fehler. Nach der Fehlermeldung sieht es so aus, als ob die Autoren in dem Paket etwas vergessen hätten? Allerdings eher unwahrscheinlich, da die Logs bei CRAN unauffälig sind. Eventuell ein spezifisches FreeBSD-Pfad Problem oder so?

Generell installiere ich R-Pakete lieber mittels pkg, falls sie vorhanden sind, anstatt sie durch R zu installieren. Da funktionieren sie eigentlich immer. Leider ist das RSQLite-Paket etwas veraltet im Repository. Falls es in den neueren Versionen Fehler gefixt wurden oder neue Funktionen hinzugekommen sind, die Du brauchst, könntest Du auch ein Bugreport bei den FreeBSD-Ports einreichen (aber ist nun auch nicht die Lösung für Dein eigentliches Problem ...). Ansonsten würde ich noch schauen, ob Du den gleichen Fehler bekommst, wenn Du Dir die Quellen von Github ziehst.

Viele Grüße

 

[bsd4me]

Danke für die Antwort

da ich einige Pakate vom Bioconductor installieren möchte (Rsamtools, GenomicFeatures, GenomicAlignments, BiocParallel, DESeq2) benötige ich halt das RSQLite Paket... Was genau heisst "Quellen von Github" installieren??

VG Norbert

 

[bastorran]

Hallo Norbert,

habe gerade nachgesehen, lediglich das Paket GenomicFeatures setzt Rsqlite voraus und ohne Angabe einer spezifischen Version. Also wahrscheinlich hast Du Glück mit der Version aus den pkg-Repositories ...

RSQLite verwaltet die Quellen auf Github: https://github.com/rstats-db/RSQLite. Im Readme.md ist auch eine kurze Anleitung, wie man die aktuelle Entwicklerversion installiert. Eventuell tritt damit dieser Fehler nicht auf ...

Habe mir nochmal kurz die Datei Makevars angesehen, in der wird die Datei Makevars.local (ohne irgendein Ordner-Präfix) gelöscht. Mir scheint, dass die Autoren Ihr Paket mittels CMake erstellen lassen, womit ich mich leider nicht auskenne. Ich vermute, dass das FreeBSD-CMake das aktuelle Arbeitsverzeichnis anders setzt als das Pendant unter Linux, etc und deshalb der Befehl nicht ausgeführt werden kann. Aber das ist jetzt auch etwas ins Blaue geraten ... Eventuell wäre vermutlich das sinnvollste Du erstellst einen Bugreport entweder unter bugs.freebsd.org (da es sich um ein FreeBSD-spezifisches Problem zu handeln scheint) oder auf der Github-Seite.

Falls Du die Geschichte zum Laufen bekommst, schreib doch kurz. Würde mich interessieren, wie Du das Problem gelöst hast. ;-)

Viele Grüße

 

[bsd4me]

so, Problem gelöst - ein:

# setenv MAKE gmake
# R CMD INSTALL RSQLite_1.1-2.tar.gz

hat es glöst Das wichtigste ist das setenv!

Grüße, Norbert