na klar. du setzt 'ne referenzkiste auf (vorher natürlich die prüfsumme der iso abgleichen), und läßt dir von jeder datei 'ne prüfsumme berechnen [1]. dann wiederholst du das ganze nochmal auf der zu überprüfenden installation [2] und vergleichst die ergebnisse.
falls du allerdings -STABLE oder gar -CURRENT laufen hast, oder dein system mit allerhand lustigen compiler-optionen selbst übersetzt hast, solltest du dich mit den zugrundeliegenden verfahren auseinandersetzen und das ganze nochmal gründlich überdenken ...
hth, gruß f.
[1] werkzeuge wie tripwire oder aide sollen da gerüchten zufolge schon geholfen haben. alternativ kann man sich sowas auch mit find(1) und md5(1) selbst basteln. mittels nc(1) oder ssh(1) kann man die ergebnisse elegant übers netz schieben.
[2] von der zu überprüfenden kiste sollte natürlich nicht gebootet werden: die könnte ja schon nicht mehr vertrauenswürdig sein. für uptime-fetischisten langt auch eine cd, auf der alle zur überprüfung nötigen tools als "static builds" liegen.