ete3 läuft nicht unter FreeBSD 11.4

bsd4me

Well-Known Member
Hallo,

ist mir heute zugetragen worden, dass auf 3 Servern ete3 nicht läuft - es ging aber vor mind. 6 Monaten, dann ist ein Upgrade auf 11.4 passiert. Kann jemand sagen, was ich tun kann:

> ete3
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/bin/ete3", line 11, in <module>
load_entry_point('ete3==3.1.2', 'console_scripts', 'ete3')()
File "/usr/local/lib/python3.7/site-packages/pkg_resources/init.py", line 489, in load_entry_point
return get_distribution(dist).load_entry_point(group, name)
File "/usr/local/lib/python3.7/site-packages/pkg_resources/init.py", line 2852, in load_entry_point
return ep.load()
File "/usr/local/lib/python3.7/site-packages/pkg_resources/init.py", line 2443, in load
return self.resolve()
File "/usr/local/lib/python3.7/site-packages/pkg_resources/init.py", line 2449, in resolve
module = import(self.module_name, fromlist=['name'], level=0)
File "/usr/local/lib/python3.7/site-packages/ete3/tools/ete.py", line 55, in <module>
from . import (ete_split, ete_expand, ete_annotate, ete_ncbiquery, ete_view,
File "/usr/local/lib/python3.7/site-packages/ete3/tools/ete_view.py", line 48, in <module>
from .. import (Tree, PhyloTree, TextFace, RectFace, faces, TreeStyle, CircleFace, AttrFace,
ImportError: cannot import name 'TextFace' from 'ete3' (/usr/local/lib/python3.7/site-packages/ete3/init.py)


Vielen Dank, Norbert :)
 

Columbo0815

Kaffeemann
Teammitglied
Weil ich ohnehin gerade etwas in bhyve testen wollte, habe ich jetzt mal 11.4 installiert um zu sehen, ob ich den Fehler nachstellen kann. Merkwürdig fand ich, dass pkg (weder in den quarterly noch in den latest-Packages) py-ete3 nicht gefunden hat. Deshalb habe ich mal bei freshports nachgesehen: https://www.freshports.org/biology/py-ete3/

Für FreeBSD-11 wird py-ete3 nur für aarch64 angeboten. Ich habe deshalb mal versucht ihn aus den Ports zu bauen. Der Grund weshalb ete3 nicht läuft, ist vermutlich folgender:

===> qt5-network-5.15.2_1 is marked as broken: Qt5 requires Openssl 1.1.1,
upgrade to FreeBSD 12.x/13.x or add DEFAULT_VERSIONS+=ssl=[openssl|libressl*]

Du hast das Package noch von deiner alten Installation.

HTH
 

bsd4me

Well-Known Member
danke :) nur kann ich die Server nicht einfach auf 12.* oder demnächst 13.* hochziehen... Gibt es evtl. eienn Weg, das trotzdem unter 11.4 laufen zu lassen??
 

Columbo0815

Kaffeemann
Teammitglied
Es gibt sicher noch andere Wege. Aber der "einfachste" der mir einfällt, wenn du noch irgendwo eine laufende Installation davon hast: Pack diese Installation in eine Jail auf allen Maschinen, auf denen du es brauchst.
 
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