So wie ich es verstehe wird jeder Sprung zwischen dem Userland und dem Kernel teurer, da ein Mapping eingefügt wird, um den Userland-Teil und den Kernel-Teil des Adressraums eines Prozesses komplett zu trennen. Das würde bedeuten, dass Syscalls und (Hardware) Interrupts teuerer werden. Wie sehr es ein Programm trifft hängt davon ab, wie viele Syscalls es nutzt. Grundsätzlich ist unixoide Software aber sehr syscalllastig, da fast alle durch das Betriebssystem bereitgestellte Funktionalität letztendlich durch Syscalls implementiert wird. Solange ein Programm nur rechnet, dürfte der Performanceverlust also eher gering sein. Sobald es aber zu Dingen wie IO kommt, dürfte der Performanceverlust relativ groß sein.
Letztendlich hat AMD den Bug sozusagen geleakt, weil die Linux-Entwickler das für den Work Around genutzte "Kernel page-table isolation" (ehemals "KAISER") mit der Gießkanne für alle x86-CPUs aktiviert haben. Daraufhin hat AMD einen Patch eingericht, der es auf Intel-CPUs beschränkt und sehr deutlich darauf hingewiesen, dass man doch bitte nicht gar nicht betroffene CPUs verkrüppeln möchte. Das war schon eine recht deutliche Reaktion, die stark dafür spricht, dass die Auswirkungen nennenswert sind. Abschalten kann man es übrigens, indem man dem Linux-Kernel die Option "nopti" übergibt.
Genau wissen wir es aber alles erst, wenn das Embargo gefallen ist. Dann kann man sicher auch besser einschätzen, wie groß das Risiko ist und eine fundierte Entscheidung treffen.
EDIT: Missverständliche Formulierung geändert