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linux binaries verhalten sich unterschieldich in jail und host

bsd4me

Well-Known Member
Themenstarter #1
Hallo,

ich habe da so eine Linux Software von Nanopore: "guppy" - läuft auf meinem PC und auf dem Server scheinbar ohne probleme:

[user@server:bin] % ./guppy_aligner
Usage:
guppy_aligner -i <input fastq path> -s <output SAM path>
--align_ref <reference file>


leider in einer jail nicht - in der jail kommt:

[user@jail:bin] % ./guppy_aligner
./guppy_aligner: error while loading shared libraries: libboost_date_time.so.1.66.0: cannot open shared object file: No such file or directory


ok - da gibt es ein lib verzeichnis mit den libraries:

[user@jail:bin] % setenv LD_LIBRARY_PATH /home/user/appl/guppy/ont-guppy-cpu/lib
[user@jail:bin] % ./guppy_aligner
terminate called after throwing an instance of 'boost::filesystem::filesystem_error'
what(): boost::filesystem::read_symlink: No such file or directory: "/proc/self/exe"
Abort (core dumped)


naja - geht nicht - hat jemand eine Idee warum??

Danke! :) Norbert
 

bsd4me

Well-Known Member
Themenstarter #2
könnte auch daran liegen - in der jail:

# ll /compat/linux/proc/
total 18
drwxr-xr-x 2 root wheel 2 Aug 22 11:00 .
drwxr-xr-x 10 root wheel 15 Aug 22 11:00 ..
 

bsd4me

Well-Known Member
Themenstarter #3
no sowas - jetzt habe ich es gefunden: das linprocfs muss in die jail gemounted werden:

also etwa in einer datei fstab.jailname
linprocfs /local/jails/jailname/compat/linux/proc linprocfs rw 0 0

Vielelicht mag der eine oder andere das hilfreich finden :) :)