Ich mach das egal um welche Umgebung es sich handelt immer so, dass wenn ich selbst an was entwickle virtualenv + pip (oder eben die entsprechenden Tools einer anderen Sprache) verwende und wenn ich Software X installiere das aus den Ports nehme.
Also quasi immer aus den Ports, ansonsten lokal zur Applikation. Keinesfalls installiere ich mit pip, cpan oder sonst was global.