Mit dem mplayer kommt auch der mencoder, der sollte das Zeugs transcodieren können. Das man page lesen möchte ich dir nicht ersparen, ein paar nützliche Optionen könnten sein
-o <outputfile>
-oac <audio output codec>
-of <output format>
Hm, wenn ich das richtig sehe kann er nur avi und mpeg als outputformat. Evtl. musst du es in zwei Schritten machen: Zunächst per mplayer mit den optionen -ao pcm -aofile output.pcm als rawfile abspeichern und dann mit lame o. oggenc codieren.