Schau dir mal gezielt an (mit top, iostat, vmstat usw), ob deine Maschine in diesen Situationen nicht swappt wie verrückt - I/O nach swap ist ziemlich "teuer" und läßt Reaktionszeiten ansteigen.
Naja, das EINE Tool welches einem auf Knopfdruck ne Auflistung von "da isses lahm und da und da...