Naja, wenn du Raid im Bios einschaltest, ist es Hardwareseitig aktiv, d.h. dein FreeBSD sieht gleich nur eine HDD. Wenn du es nicht im Bios einschaltest musst du es z.b. in FreeBSD einrichten.
Ansonsten dürfte der Unterschied minimal sein, mit der Hardware-Lösung wirst du wahrscheinlich ein...