Hol dir das M. W. Lucas Buch zu PAM. Solange du bereit bis Passwörter über HTTPS zu verschicken ist PAM eine gute Lösung. PAM kann verdammt kompliziert sein, aber du musst ja nicht alles nutzen. Vermutlich gibt es auch schon ein passendes PAM Modul für deinen Anwendungsfall was dir das schreiben...