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Du kannst das im Installer nur händisch machen. Alternativ nimmste nen PCBSD Image, das kann auch nen standard FreeBSD Installieren oder du schaust dir mfsBSD an, was ne Installer-CD für ZFS ist.
Wie schon gesagt wurde, sollte die Installation auf ZFS über newfs Parameter gehen. Ist es danach notwendig einen anderen loader zu verwenden, also zfsloader? Einfach nur einen Symlink auf zfsloader (loader => zfsloader) setzen? Oder ist in loader die ZFS-Funktionalität automatisch integriert?