Wie genau soll denn der Kernel im laufenden Betrieb ausgetauscht werden? Ich bezweifle übrigens, dass dein Debian das konnte...
Keine Ahnung "wie" – ich weiß nur, dass unter Debian im Verzeichnis /boot ein Standardkernel lag, der "einfach" ersetzt wurde. Danach wurde eine RAMDisk erneut erzeugt und Symlinks ersetzt. Alles im laufenden Betrieb. Nach Neuschreiben des Bootloaders musste man einfach rebooten und es war aktualisiert.
BATCH=1 in /etc/make.conf eintragen.
Und Du bist sicher, dass es so dann zuverlässig ohne Dialoge durchläuft?