Falls du deine Konfiguration wirklich separat in Git haben willst, dann würde ich dabei darauf achten nur die von dir geänderten Konfigurationen dort zu speichern, wobei in den meisten Fällen sowas wie Ansible und Co. wohl besser klappen wird. Allerdings ist das auch nicht das Allheilmittel und man kann da andere Problemchen[1] haben. Es kommt aber stark auf den genauen Anwendungsfall an, wie groß der Vorteil davon ist.
In den meisten Fällen wirst du dir aber immerhin mit /usr/local/etc leichter tun, als mit /etc. Da zerhaust du dir im Fall des Falles nicht gleich das Basissystem. Wenn du tatsächlich Git verwendest wäre wenn du das magst noch ein Shell-Skript mit sysrc-Befehlen ganz gut. Dann kannst du nachdem du ein Basissystem hast den Rest dynamischen ändern.
Wenn das ohnehin Teil eines Komplett-Backup ist willst du das vielleicht wirklich generisch machen. Da sei nur anzumerken, dass im laufenden Betrieb ein zfs-snapshot immer besser ist, weil du da keine Zustände haben kannst, wo Dateien während des Backups geändert werden können. Das heißt für solche Dinge immer extra was überlegen. Der Klassiker da ist ein DB-Dump wenn du eine Datenbank hast oder ähnliches. Aber es ging dir ja ohnehin speziell um Konfiguration. Da gibt's im Grunde nur so Sachen, wie: Vergiss beim Restore, wenn das nicht Teil des Backups ist so Dinge wie newaliases für /etc/aliases oder cap_mkdb für /etc/login.conf auszuführen. Für solche Dinge ist Ansible nett. Alternativ könntest du die .db-Files einfach mit ins Backup packen.
[1] Templates sind okay, aber dann tut's potentiell auch Git, wen du aber mit Blöcken oder einzelnen Zeilen arbeitest ist aber Testen angesagt und je nach Setup kann dann eine Git-Lösung oder eben Copy und Paste in ein Repo weniger Wartung brauchen. Ansible bzw. Configuration Management ist meiner Erfahrung netter wenn du auf einander aufbauende Sachen hast, wie das meist auf Servern ist, auf einem Desktop (oder auf einem einzelnen, sehr kleinen Server) kann es schnell mal sein, das Ansible ein wenig Overkill ist und du damit mehr Arbeit hast als an ein paar einfachen Files und ggf. ein oder zwei kleinen Skripts.
.... Jetzt wollte ich wissen ob das unter FreeBSD geht. Deshalb brauchte man unter Linux etwas wie 
