Also, wie MuffiXXL sagte, ist der Core2 meist schneller. Vor allem bei speicherintensiven Anwendungen merkt man das, da der lahme und aus gutem Grund bei den Nachfolgern ersetzte Frontside Bus stark bremst, was der Core2 durch seinen deutlich größeren Cache besser ausgleichen kann. Davon einmal abgesehen ist die absolute, rohe Rechenleistung pro Takt gleich, es ist ja schließlich das gleiche Rechenwerk.
Daraus folgt nun: Bei Dingen, die vor allem durch die CPU selbst begrenzt werden, wirst du jeden Verlust an Megahertzen bemerken. Das Gute ist, dass der FSB extrem bremst und es daher kaum praxisrelevanten Szenarien dafür gibt. Bei Dingen, bei denen der Speicher bremst, wirst du gewinnen. Nun heben sich Gewinn an "Speicherdurchsatz" und Rechenleistungsverlust aber irgendwann auf, wenn man mal Extremsituationen außen vor lässt.
Daher: Den E4300 würde ich auf keinen Fall nehmen. Du müsstest ihn schon extrem billig bekommen, damit er sich in Sachen Stromverbrauch rentiert und bei Leistung verlierst du auf jeden Fall. 1000MHz sind viel. Der E6600 ist da schon interessanter. Du verlierst zwar ein paar MHz, aber nicht so drastisch viele. Würde ich zumindest drüber nachdenken, aber Wunder bringt es nicht.
Ich sage mal so. Ein Mainboard kosten nun auch nicht mehr die Welt. Ich würde mich am Ende vermutlich dazu entscheiden, ein paar Monate zu warten und dann Mainboard + CPU + RAM gleich komplett zu ersetzen. Durch einen AMD Phenom II oder einen der neuen Intel Core i7 in 32nm, je nach Geschmack. Das ist zwar teuer, aber da ist das Geld für die neue CPU besser angelegt, weil es wirklich deutlich mehr Leistung bringt.