Viren filtern ist kein Problem. Jeder größere Antiviren-Software-Hersteller bietet solche Software an. Selbstverständlich gibt's auch freie Antivirensoftware (clamav) oder für den Heimgebrauch kostenlose Varianten kommerzieller Programme (H+B EDV Antivir...). So kann man in diversen Varianten E-Mail-Verkehr filtern (sendmail-Milter, Amavis, spamd...)
Schwieriger ist es, Webseiteninhalte oder downloads zu prüfen: ein HTTP- bzw. FTP-Application Proxy (Squid) kann das theoretisch. Mir ist allerdings bisher keine Referenzimplementierung bekannt.
IP-Traffic direkt filtern ist schwieriger: die TCP-IP läßt nur geringe Zeitspannen zur Verzögerung der Nachricht zu. Innerhalb dieser Zeit muß die gesamte Nachricht gefiltert und übertragen sein. Ist der Datenverkehr zu langsam, könnten Viren unbemerkt über mehrere mit großem Zeitabstand eintreffende Pakete durchschlüpfen.