SSH (SCP)
Shell: scponly (ports/shells/scponly) oder rzsh, bei rzsh ist jedoch das Anmelden und Umsehen (eingeschränkt) möglich, bei scponly nicht.
Bei "Secure-FTP" kann sehrwohl der Datenstrom verschlüsselt werden, mir persönlich nur mit ProFTPd bekannt, jedoch bist du meiner Meinung nach...