Ob du aus den Quellen, dem FTP oder per CD installierst ist eigentlich völlig egal. Das Ergebis ist (alles andere wäre ja bedenklich) das Selbe.Was heisst "installier schnell neu"? Von Install-CD oder diese beiden Archive auspacken? Mein komplettes /home und /usr/ports möchte ich nicht erst jedes mal sichern und rückladen müssen.
/usr/ports zu sichern ist übrigens völlig unötig denn ein "portsnap fetch extract" zieht dir einen aktuellen Portstree (den du dann immer mit "portsnap fetch update" aktuell halten kannst).
Was du von ~ wirklich sicherst ist ja dir überlassen. Wenn du mutig bist und es auf ner eigenen Partition liegt kannst es ja auch einfach liegen lassen und wieder einmounten (ich würde jedoch zu Backups raten wenn die Daten dir was wert sind).
@edgar: Im Allgemeinen ist es nicht wirklich nötig das System mehrmals neu zu installieren, denn fast alles was man so am Konfigurieren vergurken kann lässt sich zumeist wieder schnell kitten.