Hi, klingt als wäre irgendwo der Wurm drin.
Also zum Ersten ist meine Erfahrung, dass so Dinge wie Gnome auf FreeBSD eher schlechter laufen als auf Linux. Der Grund ist ganz einfach, dass die Entwickler dieser Programme meist auf und für Linux entwickeln. Entsprechend muss der Code oft nicht unumständlich auf FreeBSD portiert werden. Wenn du dich genauer dafür interessierst stöbere mal im Forum ein wenig und du wirst dich freuen. (Stichworte: systemd und Lennart Poettering). FreeBSD als System selbst läuft oft deutlich besser, runder, stabiler als die meisten Linux-Systeme... Sobald es an komplexe Drittsoftware geht klaffen da zum Teil aber Schluchten.
Deine Fehlerbeschreibungen klingen seltsam. Also zunächst kann das maximum file number exceeded durchaus ein Problem darstellen. Wenn das System keine neuen Dateidesktiptoren mehr anlegen kann liegt es nahe, dass das eine oder andere nicht funktioniert. Bei einem normalen Desktopn-System finde das allerdings schon etwas befremdlich. Dennoch kannst du dir dazu mal folgendes ansehen:
http://www.freebsd.org/doc/de_DE.ISO8859-1/books/handbook/configtuning-kernel-limits.html
Notfalls einfach mal die kern.maxfile hochsetzen und staunen... oder eben nicht.
Geflimmere und dergleichen kenne ich von Grafikkartenprobleme. Was ist es denn für ein Rechner und vor allem: Welche Grafikkarte ist drin und welchen Grafiktreiber nutzt du?
Zum Anlegen von Benutzern: Wie bereits gesagt sind solche Monstren wie Gnome und KDE etc. meist von Linux portiert. Darunter fallen iA auch die ganzen Tools für Systemeinstellungen. Ich möchte nicht ausschließen, dass es hier ggf bei Systemeinstellungen zu Problemen kommen kann (aber ich bin als Schwarzseher bekannt). Ich mache sowas daher eigentlich immer über das Terminal.
Wenn du wirklich bei FreeBSD einsteigst und ein laufendes Desktop-System dein Ziel ist dann kann ich mich der Empfehlung mit PCBSD (
www.pcbsd.org) nur anschließen. Abgesehen von der etwas kranken Paketverwaltung (die durchaus ihre Vorteile hat) kannst du damit auch in vollem Umfang BSD kennen lernen (aber eben ohne dich erst ewig mit dem System zu prügeln bis mal der Desktop richtig läuft).