ähnliche Probleme habe ich auch gelegentlich gehabt.
NTFS auf Linux (KNOPPIX) funktioniert meiner Erfahrung nach sehr gut, sogar ausgezeichnet.
Damit kannst du arbeiten und einen Hilfs-Rechner aufsetzen um dann Daten von FreeBSD zu holen (NFS oder ftp) und auf eine externe NTFS-Platte zu bringen.
Verschlüsselungen gibt es viele, ob truecrypt bei Knoppix an Bord ist: k.a.
Einfach rar und Schlüssel? rar ist in den Ports und einer meiner Lieblinge (wenngleich ich den noch nie auf ein Archiv mit +TB angewendet habe, da wird es wohl schon dauern... vielleicht mehrere kleinere Teil-Archive produzieren?). Es gibt rar für alle Plattformen und sollte auch bei Windows kein Problem sein, evtl mit grafischer Oberfläche.
Bei Übertragung auf NTFS werden meiner Erfahrung nach nicht alle Rechte immer ordentlich übernommen, sprich, es gibt manchmal Gemecker. Um das zu verhindern und generell, würde ich zuvor alle Daten-Files 777 setzen. Dann sollte es keine Probleme für den User auf Win-Seite geben.
edit: ich sollte noch nachschieben, dass auch bei dem Knoppix keine direkte Linux-Lösung existiert (wie wohl auch) sondern eine fuse-Implementierung des NTFS genommen wird.
Probleme mit NTFS und FreeBSD(8.3 mit fuse) habe ich allerdings auch nie wirklich gehabt. Knoppix bietet mir einige erweiterte Möglichkeiten direkt und mit grafischen Tools und User-Ready - genau das Passende für die wenigen Gelegenheiten, wo ich das brauche.
G4L (Ghost for Linux) erlaubt sogar komplette Backups von NTFS und auch auf NTFS und es benutzt die gleichen Mechanismen, wie Knoppix. Ich finde Knoppix etwas einfacher zu benutzen. Aber das scheint mir dafür zu sprechen, dass unter Linux keine großen Probleme auftreten (oder ignoriert werden?).