Zwar ist alles seit dem zweiten Beitrag nicht direkt das was der Fragesteller will, aber was soll's... ich hab' auch ein paar Anmerkungen.
Die Stiftleisten sind genormt und sind als Pfennigartikel bei Reichelt, Conrad, etc. zu kaufen. Bei meinem Alix 1.C hat das Anbringen der Stifte problemlos geklappt; man muss sich halt trauen den Lötkolben ans Mainboard zu halten
Allerdings ist das mit der Software nicht so einfach gewesen. Der rausgeführte SMBus/I2C auf dem Alix 1.C ist der in der Southbridge, nicht der vom Super I/O. Ich hab' eben in die Schematics der Alix 2.x Baureihe geschaut, da scheint das auch so zu sein. Würde mich wundern, wenn das beim Alix 6.x, was ja wohl auch Geode basiert ist, anders wäre. Die meisten Geode Designs bauen auf dem selben AMD Referenzboard auf, d.h. Chips und Verdrahtung sind sehr ähnlich.
Lange Rede, kurzer Sinn: Als ich mich das letze Mal damit auseinander gesetzt hab', gab's keinen Treiber für den SMBus Teil des CS5536 Chips. Zum Spass hab' ich einen Treiber geschrieben, allerdings nur rudimentär getestet. Siehe hier:
FreeBSD SMBus/I2C Treiber für Alix Southbridge (CS5546) . Parallel dazu hatte sich wohl noch jemand anderes an einem Treiber versucht (leider ist mir der Name entfallen). Möglicherweise gibt's also mittlerweile schon einen Treiber im Basissystem.
Unterm Strich kann ich Dich dennoch nur ermutigen, den Ansatz mit den I2C Sensoren zu verfolgen. Ist i.A. billiger und vermutlich auch einfacher. Alternativ könntest Du nach Sensoren suchen, die über SPI bedient werden. Dann könntest Du den Sensor über die GPIO Pins Deines Boards bedienen.